根据最新考古勘探资料显示，秦始皇帝陵园曾被人为破坏，但如今的地形则主要是遭到南部山区的洪水之害，使陵园内长期形成并存在着多条河道。
秦始皇帝陵园史称丽山园，位于骊山北麓的冲积扇上。在秦始皇帝陵园范围内，其地下距地表2米至30米深度，存在着6层淤砂石层，表明早在修陵前或有人为活动前，骊山北麓的洪积活动已较为发达，防洪应是秦始皇帝陵园的必然选择。
记者从秦始皇帝陵博物院获悉，根据2010年以来的考古勘探调查成果，发现秦始皇帝陵园的自然破坏主要来自于多条洪水形成的河道。
最具破坏力的，是一条由外城东南角进入陵园的河道。它由外城东侧进入陵园，冲刷破坏了陵园外城的东南角，并进入陵园东部，沿东内外城间向北倾泻而下，从而对陵园东部区域的遗迹造成了很大破坏。
秦始皇帝陵园考古队队长张卫星说，从地理位置判断，最具破坏力的这条河道的洪水，应当来自骊山北麓最大的山口——大水沟。秦始皇帝陵园在修筑时，专门在山前修建有防洪大堤，以便将这个山口的洪水引向东流。但陵园还是遭到这股洪水的破坏。
除此之外，秦始皇帝陵园的中北部区域可能也被来自东侧的洪水冲刷，内外两部分洪水的共同作用使外城东墙的大部分区段受到不同程度的破坏，外城东北角区域破坏最为严重
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