600多年后，同样的灾难又降临在明王朝第二任帝王、建文帝朱允炆的身上。朱允炆是继太祖朱元璋之后登上帝位的。朱允炆即位时，已经20多岁，即位不久，针对“诸王拥兵自重”的现状，他听从兵部尚书齐泰、太常卿黄子澄等人建议，决定削夺各地藩王的权力。
建文帝考虑到燕王朱棣势力强大，因而未对朱棣下手，他先废周王，以此牵制燕王。不久又削除了湘王、齐王、代王、岷王4个亲王的藩王爵位，并将他们废为庶人。朱允炆的所作所为，当即引起了朱棣的警觉。就在朱允炆称帝的第二年，朱棣以祖训“如果朝廷内已无忠臣，而奸佞之辈满朝，则亲王可以训兵待命，为天子清除掉周围的奸臣”为由，举兵发难。
朱棣曾在父皇在世时，就多次受命带兵出塞征战，故起兵仅一个月，就攻下了北平周围许多重要的关口和州县。建文帝和齐泰等人商议后，以朱棣谋反为由，发布告示，要讨伐燕王。
但建文帝实在找不到合适的将领，只好派年已古稀的长兴侯耿炳文为大将军，北上讨伐燕王朱棣，结果只有13万兵力的南军被朱棣统领的北军打得一败涂地。消息传到南京，建文帝和黄子澄商议对策后，又派曹国公李景隆为大将军，取代耿炳文。
李景隆调集各道兵马，纠合耿炳文的余众，共计50万兵力，扎营于河间。朱棣得知此情后，对诸将说：“李景隆是纨绔子弟，何时还学过布兵打仗，今领50万来犯，不过是第二个赵括罢了。”果然交战不久，南军又一次大败。
多次击败南军后，燕王朱棣乘胜挥师南下，包围了京师。无可奈何之中，建文帝遣人与朱棣议和，并以割地为条件。一心要夺得帝位的朱棣根本不予理睬，向京师发起了猛攻。建文帝的叔父、谷王朱穗，以及屡战屡败的李景隆，面对朱棣的威势，开门放入燕师。
建文帝闻讯，知道形势再也扭转不回来，遂纵火焚宫。朱棣入宫后，清宫三日，终未能找到建文帝。建文帝到底是死是活？至今仍是一团迷雾。
