与隋炀帝生死离别之后,萧皇后开始了颠沛流离的传奇生活。她先是被叛军宇文化及带走,后来另一名农民起义首领窦建德杀死宇文化及,将萧皇后安置在武强县。此时,东突厥可汗的妻子义成公主得知萧皇后的下落后,派遣使者来迎接萧皇后。窦建德不敢得罪东突厥,于是萧皇后就到了东突厥。后来,唐太宗灭掉东突厥,萧皇后和她的独苗孙子杨政道于公元630年(贞观四年)被护送到长安,结束了近12年的流亡生活,此时她已年过六旬。
聊以自慰的是,唐太宗给予了她很高礼遇。她身边也不乏亲人,有她与隋炀帝所生子女中唯一健在的女儿南阳公主。还有一个隋炀帝与其他妃子生的女儿,她还是唐太宗的妃子,为唐太宗生了一个儿子叫李恪。后来,李恪差点成了接替唐太宗的唐朝第三位皇帝。萧皇后的两位弟弟萧瑀、萧璟也是唐太宗手下的高官,萧瑀的儿子还娶了唐太宗的女儿襄城公主。后人常说隋唐本是一家人,隋炀帝与唐太宗的父亲唐高祖李渊本就是表兄弟,虽然朝代换了,但并没有跳出大家族的圈子。
对萧皇后来说,此刻的长安城再繁华,也无法引起她的兴趣。她深居简出,在声声佛号中,又孤独地生活了18年。岁月的磨砺消耗了她的青春,如今两鬓白发,步履蹒跚,她浑浊的眼里,一遍遍闪过与隋炀帝共度的纯情时光。偶尔,她的唇边也泛起一丝苍凉的笑容……
公元648年(贞观二十二年),阅尽人间兴亡之事的萧皇后,以近80岁的高龄谢世,“香消南国美人尽”,追随她的夫君隋炀帝去了。唐太宗特意下诏,将她的遗体护送到扬州,与隋炀帝合葬于雷塘。而早在公元622年,唐高祖李渊即下令将隋炀帝墓迁到雷塘。
岁月流逝,唐朝天宝之后,隋炀帝与萧皇后的墓冢逐渐荒芜,被一片稻田覆盖。再到后来,人们渐渐忘记了这里曾经有过一座传奇帝王和皇后的合葬墓。