1、起飞之前燃料泄漏，逃生计划形同虚设
第一个危机出现在飞船起飞之前。1969年7月16日，起飞前4小时，宇航员尼尔-阿姆斯特朗、巴斯-奥尔德林和麦克-科林斯在吃发射前的最后一餐。但他们不知道的是，此刻在发射台上，土星5型火箭却出现了燃料泄漏，技术人员正在紧急排除故障。当时火箭装有100万加仑液氢燃料，此时一个火星就会摧毁火箭和所有工作人员。
3名宇航员对燃料泄漏这一危险事实并不知情。宇航员们被告知，如果燃料泄漏导致引擎在点火时失效，他们的座舱会被弹射到远离火箭的安全地点。当时，宇航员奥尔德林说：“我觉得我们生还的可能性有99%，我们会遇到很多危险，但也有很多机会中断任务。”然而惊人的是，在宇航局官员看到的备忘录中，并没有什么逃生计划。
备忘录表明，发射中断系统在探测到灾难性故障后，需要两秒钟来启动逃生系统，如果在发射初期火箭的引擎熄火，箭体会在半秒钟内解体，宇航员根本无法获救!宇航员对此一无所知。泄漏问题终于在下午1时32分解决。飞船起飞了。
2、UFO跟随飞船浮动，船舱出现神秘闪光
在火箭升空后的48小时里，飞船安全飞行，没有发生任何意外。但在第3天，一个奇怪的现象发生了。奥尔德林和科林斯称，他们看到飞船外大约6000英里的地方似乎有一个不明飞行物一直跟随着飞船浮动，但它显然并非是飞船抛弃的火箭舱。
奥尔德林说：“这实在让人困扰。飞船外有个东西，近得可以观察到。科林斯可以通过望远镜看见它，它呈L形状。”与此同时，飞船内也出现了神秘闪光。奥尔德林回忆说：“突然间我看到一道闪光。我吓了一跳，想到可能有东西进了飞船。我问他们两个，尼尔说他看到了，而且是上百次。”这些闪光让人担心。
在没有空气的太空里，任何东西把飞船穿透都会造成灾难。奥尔德林向控制中心报告了这一情况，宇航员们被告知，那些是高速重粒子，能够穿透飞船甚至人体。只有长期暴露在这种粒子下，人体才会出现损伤。阿波罗11号在重粒子不断轰击下继续飞行。奇怪的是，当飞行员睡了一觉醒来之后，飞船后面的神秘物体已经消失了
3、用手能把舱壁戳穿，关键时刻电脑死机
飞船进入环月轨道后，宇航员开始为这次旅行中最危险的部分做准备。阿波罗11号在月球上空80英里处盘旋。阿姆斯特朗和奥尔德林进入“鹰号”登月舱，科林斯留在主控舱里。为了减轻重量，登月舱的舱壁非常薄，因此宇航员们要相当小心。阿波罗11号主管吉恩-克兰兹说：“如果你用指头用力戳，你甚至可以把舱壁刺穿!它只相当于2层铝板的厚度。”
