第二次包裹装箱是在1941年。为确保“北京人”头盖骨的安全，裴文中和胡承志一边办理向美国转移的手续，一边准备将包装好的三个头盖骨寄出。老人回忆说：“就在日本偷袭珍珠港前三个多月，忽然有一天我收到通知，要我把装箱的头盖骨送到协和医学院总务长办公室。我后来才知道，送去以后头盖骨在协和医学院保险柜里只待了一夜，第二天又被送走了，从此不知所踪。”
“头盖骨原本计划由北京市公使馆接收，美国海军陆战队撤退的时候带走。但是，等到日本偷袭珍珠港后的1942年，日本天皇下命令给日本华北驻屯军帮着找‘北京人’头盖骨时，也发现保险柜里是空的。”
至此，“北京人”头盖骨下落不明，留下一段至今未解的历史之谜。
