Coates和Stallard以印度尼西亚群岛为例,来类比了巴拿马地峡当年的情景。尽管在巽他海峡,物种通常以跳跃或漂流的形式在群岛中迁徙,但这种物种迁徙却止步于巴厘岛与龙目岛之间。虽然两岛相距只有35公里,但由于海峡深达数百米,海水激流湍急,导致物种无法迁徙。
另外,科学家于巴拿马运河流域的600万年前沉积物中发现的鲨鱼牙齿和鱼类化石(例如耳石)是一项意义重大的发现。这些耳石属于马林鱼和竹荚鱼,这些物种通常并不栖息在浅水中。STRI的Carlos De Gracia和他的同事认为,这些化石说明当时的海水有100到700米深。Coates把这些化石的发现称作深海海峡存在(比Jaramillo和Montes提出的新假设晚数百万年)的确凿证据。
但是,也有其他证据与传统学说相左,尤其是物种迁徙的那些“先驱者”。大约900万年前,早在大迁徙之前,两种起源于南美洲的树懒物种就出现在美国的佛罗里达州和得克萨斯州。而最早的北美洲“移民”则是浣熊类物种,于730万年前出现在阿根廷。科学家通常将这些早期的物种迁移称作岛屿跳跃或者漂流。Jackson指出,现代的树懒和浣熊的确很擅长游泳。但也有科学家并不认可这种说法。